La începutul secolului al XVIII-lea comunitatea romano-catolică din Gherla era slujită de către preoți mendicanți franciscani ce se deplasau din Dej pentru oficierea slujbelor religioase. Apoi însă, în anul 1748, încep construcțiile pentru noua biserică, pe un teren donat enoriașilor catolici-franciscani de către primarul de atunci, Daniel Todor. Construcția este finalizată, sființită și dată spre folosință în 1758. În anii următori a fost construită Capela Maria de Loretto (în 1760) și edificată aripa estică a claustrului (1766). În anul următor au fost realizate cele două altare din piatră, realizate în stil baroc și amplasate de-o parte și de alta a navei, închinate Sf. Anton și Sf. Francisc. Biserica este orientată, în mod tradițional, pe direcția vest-est (cu altarul în est), și este prinsă în ansamblul arhitectural al claustrului mănăstirii franciscane.